結論

なぜか neovim の background オプションが "light" になってたのが原因でした。 set background=dark を明示的に書いたら解決しました。

調べたこと

zellij を起動してない状態と起動した状態で比較してみる → zellij のなかでのみ問題が起きる 1.別のターミナルで zellij を起動してチェックしてみる → ターミナルを変えても同じ
TrueColor は動くか? → zellij のなかでも問題なし
system color は同じか? → 同じ
bat など他コマンドの出力はどうか? → 問題ない

と、このように順番に原因を絞りました (zellijの起動に原因がありそう → 特定のターミナルと zellij の相性が原因ではなさそう → 色がおかしいわけではない → zellij が neovim になにか影響をしていてそれが原因っぽい)

ここからさらに neovim をプラグインなしで開いてもダメなことがわかったのでneovim 自体になにかあるんだと判明 → 最終的に background オプションに原因があることがわかりました。